Интересно, а Вы думаете, что те кто пишет вирусы, обязательно добавляет примечание в файл "я вирус, меня копировать не надо"?
Вирусы на то и вирусы, что они маскируются под "стандартные" файлы (или являются частью таких файлов) и располагаются в стандартных каталогах хорошо известных пакетов... И будете Вы дописывать хоть полностью, хоть инкрементно, если вновь установленное приложение имеет вирус, он благополучно запишется в новый образ ...
Александр правильно пишет, что перед созданием образа системы надо прогнать кучу антивирусов...и иметь два образа "система" и "система+приложения"....
Правда, мне проще заново переустановить систему и переинсталировать все мои программы (а их у меня точно меньше 20), чем гонять кучу антивирусов. Установка всего с нуля у меня занимает часов 5... А вероятность такого события при наличии антивируса и бэкапа стремится к нулю ...