Зависит от ситуации, условий съемки и последующей работы с изображением.
1) Снимаем серию в одном месте (в одних неизменных условиях) - лучше все настройки вручную, чтобы не "скакали" во время съемки.
При обработке можно будет скопировать настройки с одного уже обработанного кадра на остальные из серии.
То же применимо и для съемки панорам (там и автофокус отключают на втором и последующем кадрах).
2) Снимаем 1 снимок быстро, есть время на обработку - авто.
3) Снимаем важный репортаж - сразу нужны качественные JPEG с правильным ББ - предустановка ББ вручную заранее по "крышке" или через серию тестовых снимков.
и т.п.