А что, видоискатель у Д5000 действительно такой жуткий, что абсолютно исключает ручную фокусировку?
О том, что у D5000 видоискатель темнее, чем у D90 много пишут, но я не заметил существенных отличий. Другое дело, что у D5000 поменьше охват кадра в видоискателе, а у D90 изображение в видоискателе покрупнее. У D90 два диска управления - это удобнее в смысле оперативности. Снимки по качеству равноценны (имхо) по крайней мере на китовой оптике. D90 + 18-105 тяжелее, чем D5000 + 18-55. Если D5000 + 18-55 можно без особого напряжения удерживать одной правой рукой достаточно длительное время, то D90 + 18-105 приходится держать как правило двумя руками. У D90 очень хороший по качеству изображения экран - в этом плане экран D5000 заметно проигрывает, но зато он поворотный и это реально удобно в некоторых случаях. При стандартных настройках D5000 снимает чуть темнее чем D90. Чтобы получить похожую на D90 гистограмму на D5000 нужно делать экспокоррекцию примерно +0,5...+0,7.
Лучше всего зайти в магазин и посмотреть оба аппарата: подержать, поснимать. Что больше понравится, то и берите