Есть подозрение, что большинство "известных проблем" появляются после домашних тестов в тёмных помещениях.
Шевелёнку можно убрать вспышкой или штативом с пультом, но АФ всё равно будет давать достаточно большую среднюю ошибку.
На подсветку от камеры или вспышки тоже чересчур уповать не стоит.
На связке с Д90, при нормальных условиях съёмки, проблем с АФ не замечено. Более того, очень хорошо работают боковые точки АФ. Чаще всего использую режим AF-C.
Если света мало, освещение искусственное, то на 200мм, на дистанциях менее 5-4м, уложить точку прицеливания в ГРИП почти невозможно. Чаще слегка улетает в бэк, но речь о миллиметрах.
Тут надо ещё учитывать, что на 200мм, на открытой диафрагме у сабжа скорее падает контраст, чем детализация, что не есть гуд для АФ. На "качество" точки прицеливания стоит обращать внимание.
У ТС возникли проблемы при нормальном дневном освещении. Скорее всего, не повезло с экземпляром.
И ниточку.