да как-то не очень однозначно. или я не правильно растолковал то,что написано в инструкции?
Вы просто процитировали инструкцию.
В ней два пункта (пусть и в разных местах). Для AF объективов и для AF-S.
В первом пункте сказано, что переключение в M обязательно. Иначе можно повредить объектив (в таких объективах механическая связь мотора камеры и кольца фокусировки объектива).
Для AF-S объективов такого предостережения нет (так как указанная выше механическая связь отсутствует). Прямой логический вывод отсюда такой: повредить AF-S объектив ручной фокусировкой в режиме A нельзя.
Из текста цитаты следует, что, для того, чтобы осуществить ручную фокусировку, надо исключить автоматическую (иначе смысл ручной фокусировки просто теряется). Это достигается в режиме одиночного снимка после блокировки фокуса, которая происходит автоматически в данном режиме, либо переключением в режим М. Последняя фраза цитаты означает, что, если камера фокусируется автоматически, то, естественно, Вы не сможете сфокусироваться вручную.
Это мое прочтение инструкции.
P.S. Для опровержения или подтверждения логики инструкции (ее же писали люди со всеми их достоинствами

) можно привлечь сведения об устройстве волновых двигателей в объективах. Но это занятие для тех, у кого много свободного времени. Правда в инструкции к D700 указано, что M/A при маркировке М/А-М означает режим приоритета ручного фокуса в режиме А, т.е. если Вы начали ручную фокусировку, автофокус блокируется. Я не акцентировал внимание на таких мелочах, но заметил, что на некоторых моих AF-S объективах это действительно так.