Я перепробовал много всего(кроме похода в сервис), в итоге нашел алгоритм, решающий подобный вопрос за 5 минут. Рассказываю на примере моего D90. Предполагаю, что остальные модели по аналогии делаются.
1. Устанавливаем прогу под имеющуюся модель фота.
2. Импровизируем стенд. Например вот так:

В качестве таблицы автофокуса «af chart» я использовал лист А1, разлинованный черным маркером вдоль и поперек через 2,5 см. (лист в «жирную» клетку). Закрепляем ровно, чтобы плоскость листа не прогибалась. Фот подключаем по USB к компу, нацепляем нужный объектив, и ставим его перед центром листа, чтобы лист полностью попадал в видоискатель. Ось объектива перпендикулярна листу. Сделать достаточное освещение. Я включал свет + направлял настольную лампу.
3. Создаем файл «тестовой линзы». В этом файле лежат поправочные коэффициенты для тестовой линзы. Он сделан для того, чтобы учитывать погрешности линзы сервис-центра, и после юстировки фотики шли «по стандарту». Количество коэффициентов соответствует количеству датчиков АФ.
Но нас-то интересует не какой-то там стандарт, а чтобы наш фот хорошо работал с нашим конкретным объективом. Поэтому мы будем считать наш объектив «идеальным». И соответственно, в поправках пишем нули. Файл с именем D90LDATA.DAT создается в Блокноте Windows, после чего расширение .txt меняется на .dat. Файл кладем в папку с прогой. (Предполагаю, в других моделях могут быть другие сокращения названий датчиков АФ. Расшифровка например такая: LTVK – left top vertical датчик. Есть еще комбинации right,center,bottom,horizontal... для каждого датчика задается поправка в каких-то единицах.) Получилось нечто вот такое:

4. Фокусируем объектив на листе. Делал так: включаем режим LiveView, полунажимаем кнопку спуска. Выполняется автофокусировка с помощью основной матрицы.
5. Запускаем прогу, проходим по шагам в соответствии с рисунком. Шаг 6 – это то что нам нужно. Вводим температуру. Жмем старт, полезут инструкции – везде жмем ОК.

6. Иногда прога может ругаться. Выглядит это как на рисунке, только в каких-то ячейках вместо прочерков будут красные крестики. Это значит что какой-то датчик не увидел объекта. Чуть передвигаем камеру и пробуем снова. У меня с третьего раза получилось.

7. Когда все увиделось – прога вносит поправки в АФ камеры (отображаются сразу) и предлагает их проверить (функция AF inspection). В этой функции можно проверить точность автофокуса с другими объктивами.
8. Разбираем стенд и наслаждаемся точностью работы АФ.
9. Есть еще функция AF shift. Это общая поправка автофокуса, действует сразу на все датчики.
Вот. Пользуйтесь наздоровье! Винты юстировки крутить гораздо страшнее!!. Еще раз напомню, что фот юстируется под конкретный объектив. То есть, если ваш объектив «кривой», то остальные, «прямые», будут фокусироваться криво. Но ведь никто не мешает повторить настройку с «прямым»
Всем удачных резких кадров!))