Но поднятая встроенная при спуске срабатывает все равно
Да, срабатывает, но в освещении не участвует. Или вы в CMD-меню не выключили её. А срабатывает она в CLS для управления ведомыми вспышками и происходит это ДО того, как поднимется зеркало и откроется затвор.
Для съемки быстротекущих процессов CLS не нужна. Достаточно перевести встроенную вспышку в мануал на минимальный уровень, а ведомых вспышках типа SB-800, SB-900 включить режим SU-4 - это встроенный светосинхронизатор на любой внешний пых, которым будет встроенная вспышка камеры. Её свет можно отвести приспособой Nikon SG-3IR IR, показанной выше, или просто в бок зеркальцем, фольгой и т.п.. Причем, если вместе с SU-4 ведомые вспышки включить в режим А - автоматический не-TTL режим, то вспышки будут автоматически регулировать экспозицию. Правда, в этом случае не всегда длина импульса будет короткой, как нужно. Поэтому только "хардкор" - ручная установка мощности вспышки меньше 1/8 и камера в мануальном режиме на 1/250 сек..
Предпочтительнее запускать ведомые вспышки дополнительным внешним синхронизатором по звуку или по пересечению объектом светового луча, как делается при съемке капель.